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Essaouira foi a berebere Amogdul ("a bem guardada"), mais tarde, quando foi portuguesa, Mogador (em espanhol, Mogadur). Actualmente, tem a sua denominação árabe original.

Essaouira esteve sob o domínio dos Fenícios e dos Cartagineses e, depois, dos romanos, entre o século V a.C. e o ano 25 a.C. A parte marroquina do Império Romano foi conhecida como Provincia Mauritania Tingitana, com a sua capital em Volubilis. Durante toda a época em que o Império Romano dominou a região, a zona de Essaouira era especialmente famosa pela sua produção de púrpura.

Pouco antes da queda do Império Romano, no ano 429, os Vândalos ocuparam a Província. O general bizantino Belisario derrotou os Vândalos no ano 533 e o Império Bizantino passou a dominar grande parte do país.

Desde o século VII até ao século X, a região de Essaouira, habitada pelos bereberes, esteve em luta para conseguir a independência do domínio da dinastia árabe Omeya, que reinava igualmente na parte ibérica do reino. Contudo, durante o século XI Marrocos foi incorporado no Império Almorávide por Yusuf ben Tasfin, fundador da cidade de Marrakech.

Os portugueses, viajantes na vanguarda da descoberta de terras distantes, invadiram a costa marroquina no século XV, estendendo assim a Reconquista até ao continente africano. Essaouira foi conquistada então conjuntamente com Sebta (Ceuta), Agadir (Santa Cruz de Cap de Gué), Melilla, Asilah, Larache, Casablanca e El-Jadida. Foram os portugueses que construiram as primeiras fortificações da cidade, como a famosa Scala.

Em 1578, o exército português (e espanhol) sofreu uma derrota (na Batalha dos Três Reis), na qual morreu o mítico Rei D. Sebastião. O país ficou novamente sob o poder árabe, concretamente, sob o domínio da dinastia alauí.

Em 1764, o sultão alauí Sidi Mohammed Ben Abdallah remodelou completamente a cidade de Essaouira. O nome deste soberano deu a designação ao Museu de Artes Marroquinas, que conta com interessantes colecções de armas, tapetes e vários trabalhos de gravação de metais. No século XVIII, graças ao comercio com a Europa, Essaouira vive a sua época dourada. O sábio sultão tornou a cidade no poto mais importante de todo o reino. Era a porta marítima de Tumbuctu.

À sabedoria do sultão deve-se a instalação dos consulados estrangeiros (como os do Brasil, Portugal e Dinamarca). A era esteve marcada por uma harmoniosa convivência entre distintas etnias que viviam na região (bereberes, judeus, árabes, portugueses, saharianos, etc…). Na epoca, Mogador fazia de ponte entre África e o resto do mundo.

O posterior decréscimo da importância desta cidade atlântica propriciou, em parte, o desenvolvimento marítimo e industrial do porto de Casablanca.

Em finais do século XX, assistiu-se a um renascimento inesperado de Essaouira, graças a chegada de aventureiros, estrelas da música pop, artistas em busca de inspiração... Actualmente, Essaouira possui uma das melhores estruturas turísticas de todo o país, sendo considerada como o melhor "spot" surfista da costa atlântica de Marrocos.

Vale a pena referir que a Medina se encontra numa constante deterioração, devido a causas naturais e antropogénicas. A intrusão salina, o afundamento do terreno, a erosão costeira e a sobre-exploração dos recursos aquáticos contribuem para a degradação do ambiente urbano.

No entanto, actualmente, Essaouira, declarada Património da Humanidade pela UNESCO, tornou-se uma etapa indispensável em qualquer viagem a Marrocos. Até agora, o país orgulha-se de ter sete das suas numerosas jóias declaradas como peças do Património da Humanidade. Para além de Essaouira, têm igualmente esta honra os seguintes locais: a Medina de Fez (consagrada em 1981), a Medina de Marrakech (1985), o Ksar de Ait-Ben-Haddou (1987), a cidade de Meknes (1996), a jazida arqueológica de Volubilis (1997) e a cidade de Tetouan (1997).